《名侦探柯南》世界。在经历了数年的黑暗对抗后，少年侦探团的成员们已经从当年的小孩子成长为高中生。那个曾经让整个东京警察都束手无策的黑衣组织，在工藤新一和宫野志保的联手下，终于在一场决战后彻底瓦解。随着组织的覆灭，那颗萦绕在两人心头多年的噩梦也终于散去。